Milton被傳記作家William Hayley描述為「最偉大的英語作家」，他仍然被普遍認為是「英語最傑出的作家之一」。他去世後幾個世紀內，依舊有不少人批評他對共和主義的支持。可惜的是，他也因為對君主制的不滿而坐牢。
1651年9月3日，Oliver Cromwell在伍斯特戰役中擊敗了Charles II，Charles II逃到了歐洲大陸。Cromwell成為英格蘭、蘇格蘭和愛爾蘭的保護勳爵。Charles II在接下來的九年裡流亡在法國、荷蘭共和國和西屬荷蘭。
1660年，如果Charles II同意對宗教寬容和不懲罰以前不滿他的人，英國議會將恢復君主制。
Charles II不像他父親Charles l那麼固執，他同意了這些建議。在民眾支持的浪潮中，他回到了倫敦，加冕為英國國王（1660-1685）。
1660年5月Charles回到了英國做王時，Milton擔心自己的生命安全，躲藏起來，同時，Milton被發出了逮捕令，他的著作Eikonoklastes和 Defensio pro Populo Anglicano也被燒燬。這兩本作品都是關於反君主制的。
在獲得普遍赦免後，他重新出現，但在有影響力的朋友Andrew Marvell等干預前，他還是被逮捕並被短暫監禁。
*普遍赦免：該法案是為在英國內戰和隨後英聯邦時期犯過罪的人的赦免，但某些罪行除外，如謀殺（未經國王或議會授予的許可）、海盜、流氓、強姦和巫術，以及參與殺害CharlesI的人。
他在倫敦平靜地度過了剩下的十年，在倫敦大瘟疫期間才退休到在Chalfont St. Giles的小屋。
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